Rupbasan Kelas II Purwokerto berdiri pada bulan Mei 2003 dengan tiga kali beralih Gedung. Pada tahun 2003 RUPBASAN Kelas II Purwoketo menempati gedung bekas Balai Harta Peninggalan (BHP) yang berstatus pinjaman dari LAPAS Kelas II A Purwokerto, berdasarkan Surat Keputusan Kepala Kantor Wilayah Departemen Kehakiman dan HAM Jawa Tengah Mei 2003, Nomor : W9.PL.02.01-92, perihal Pemakaian Gedung Eks BHP Purwokerto dan Surat Kepala Lembaga pemasyarakatan Purwokerto dengan luas tanah + 619 M2 dan Luas Bangunan : 211 m2.

Pada tanggal 24 April 2013 oleh LAPAS Kelas II A Purwokerto inventaris tersebut diserahkan kepada Rupbasan Kelas II Purwokerto (Mutasi Barang Milik Negara dari LAPAS Kelas II A Purwokerto ke Rupbasan Kelas II Purwokerto) berdasarkan pada Berita Acara Serah Terima yang ditandatangani oleh kepala LAPAS Kelas II A Kepala Rupbasan Kelas II Purwokerto dan Kepala Divisi Administrasi Kanwil Jawa Tengah.

Pada Bulan Juli tahun 2018 Rupbasan Kelas II Purwokerto menempati Gedung bangunan eks Lapas Purwokerto yang pada saat itu tidak terpakai yang beralamat di Jl. Jenderal Soedirman 104 A Purwokerto. Selanjutnya Dikarenakan pada tahun 2020 gedung Eks Lapas Purwokerto akan diaktifkan Kembali menjadi LAPAS Narkotika Kelas IIb Purwokerto,

RUPBASAN Purwokerto beralih menuju Gedung baru dengan alamat Jalan Pasukan Pelajar Imam, Pamijen, Sokaraja yang terletak disamping UPT LAPAS Kelas IIa Purwokerto dengan Luas tanah saat ini sekitar 7600 m2 yang terdiri dari luas Gedung utama perkantoran sekitar 252m2 serta 3 (tiga) unit gudang dengan luas yang berbeda beda.